Quando um enlouquecido McCoy altera a história, Kirk e Spock precisam segui-lo para prevenir que sua linha do tempo deixe de existir, mas o preço pode ser alto demais.
A Enterprise chega a Janus VI onde um monstro desconhecido anda destruindo maquinaria e matando pessoas, ameaçando as operações de mineração no planeta.
A Enterprise é ordenada a evacuar uma colônia condenada em Omicron Ceti III, um planeta constantemente bombardeado por radiação mortífera, mas os colonos parecem surpreendemente bem.
A Enterprise descobre uma antiga espaçonave carregando humanos geneticamente melhorados da Terra do ano de 1996, incluindo seu líder, Khan Noonien Singh.
Kirk e Spock precisam salvar a tripulação da Enterprise quando eles são declarados baixas numa guerra bizarra simulada por computadores, na qual as mortes precisam ocorrer de verdade.
À procura de uma nave da Federação, perdida há cem anos, a Enterprise descobre um planeta cuja população se comporta como autômatos, obedecendo uma entidade invisível chamada Landru.
Quando a Enterprise é atirada de volta no tempo e no espaço para a Terra dos anos 1960, Kirk precisa decidir o que fazer com um piloto da força aérea norte-americana que filmou e fotografou sua nave e, portanto, pode alterar o futuro.
Enquanto mapeia um planeta desabitado, a Enterprise (de fato, toda a galáxia) é afetada por uma força poderosíssima ao mesmo tempo que um único humano, chamado Lazarus, surge no planeta, em busca de uma criatura diabólica que ele acusa de ter destruído sua inteira civilização.
Por trazer hostilidade a seu sistema solar, uma raça alienígena superior coloca Kirk contra o capitão da nave que destruiu um posto avançado da Federaçao.
Os últimos três meses deixaram a tripulação da Enterprise exausta e precisando desesperadamente de um descanço… mas isso explica o encontro do Dr. McCoy com um coelho gigante ou Kirk se encontrando com um pregador de peças do tempo da Academia?
Continuando a transmissão proibida de Talos IV, a corte marcial de Spock vê o Capitão Pike jogado de ilusão em ilusão, enquanto sua tripulação tenta (em vão) libertá-lo.
